Ο ναός του Πρωτάτου είναι αφιερωμένος στη γιορτή της Θεοτόκου και είναι το αρχαιότερο από τα καθολικά. Διαφέρει ωστόσο απ΄ αυτά τόσο στο σχήμα όσο και στον αρχιτεκτονικό τύπο.
Πρόκειται για τρικλιτή βασιλική. Για ένα μακρόστενο κτίριο δηλαδή, που καταλήγει ανατολικά σε ημικύκλιο και χωρίζεται με κίονες σε τρία μέρη κλιτή.
Κτίστηκε από τον Όσιο Αθανάσιο τον Αθωνίτη στις Αρχές του 10ου αιώνα. Οι τοιχογραφίες θεωρούνται έργο του Μανουήλ Πανσέληνου.
Στην κόχη του Ιερού Βήματος του Πρωτάτου βρίσκεται η Ιερά Εικόνα του «Άξιον εστί». Πολλά τα θαύματά της, πάμπολλοι και οι προσκυνητές που θα περάσουν οπωσδήποτε απ’ εκεί να προσκυνήσουν, να πούνε γονατιστοί τον πόνο τους, να πάρουν την ευλογία της.
Ήταν ένα βράδυ του καλοκαιριού όταν χτύπησε η πόρτα του Παντοκρατορινού Κελλιού της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, κοντά στη Σκήτη του Αγίου Ανδρέα, στις Καρυές. Ο Γέροντας του Κελλιού βρισκόταν στην αγρυπνία στο Πρωτάτο, όπως έκανε εξάλλου κάθε Σάββατο βράδυ. Ο υποτακτικός άνοιξε και μπροστά του στεκόταν ένας ξένος μοναχός (ο Αρχάγγελος Γαβριήλ με σχήμα Μοναχού) που ζητούσε τη φιλοξενία του. Με ευχαρίστηση τον δέχτηκε και του προσέφερε ό,τι διέθετε το φτωχικό κελλί τους.
Τη νύχτα σηκώθηκαν για να διαβάσουν την πρωινή ακολουθία. Την ώρα του Όρθρου και όταν έφθασαν στην ενάτη ωδή, ο φιλοξενούμενος πριν να ψάλλει «την Τιμιωτέρα των Χερουβείμ», πρόσθεσε το άγνωστο μέχρι τότε προοίμιο «Άξιον εστί ως αληθώς μακαρίζειν Σε την Θεοτόκον».
Άξιον εστίν ως αληθώς
μακαρίζειν σε την Θεοτόκον,
την αειμακάριστον και παναμώμητον
και μητέρα του Θεού ημών.
Την τιμιωτέραν των Χερουβείμ
και ενδοξοτέραν ασυγκρίτως των Σεραφείμ
την αδιαφθόρως Θεόν Λόγον τεκούσαν,
την όντως Θεοτόκον, Σε μεγαλύνομεν.
Τον ύμνο αυτό τον έψαλε ολοκληρωμένο πολλές φορές ο άγνωστος Μοναχός μπροστά στην εικόνα της Παναγίας, μέχρι να τον μάθει ο υποτακτικός. Αυτή η φράση προκάλεσε το θαυμασμό του υποτακτικού, ο οποίος και ζήτησε από τον επισκέπτη να του γράψει τη φράση για να μπορεί να την ψάλλει κι αυτός. Μέσα στο φτωχό όμως κελλί δεν υπήρχε ούτε χαρτί, ούτε μελάνη κι έτσι ο επισκέπτης χάραξε τη φράση με το δάχτυλό του σε μια πέτρινη πλάκα, σαν να ήταν ζύμη, λέγοντας ότι αυτός ο ύμνος πρέπει να ψάλλεται από όλους τους Ορθοδόξους και εξαφανίστηκε.
Ο υποτακτικός, που τον τίμησε ο Θεός για την υπακοή και τον οσιακό του βίο, έψαλλε μέχρι το πρωί αυτόν τον ύμνο, ο οποίος τόσο πολύ εύφραινε την καρδιά του και του έφερνε ψυχική αγαλλίαση! Όταν επέστρεψε ο Γέροντας, άκουσε τον υποτακτικό του να ψάλλει τον γλυκύτατο αυτό και μελωδικώτατο ύμνο του Αρχαγγέλου, πληροφορήθηκε τα όσα έγιναν, έτρεξε πίσω στις Καρυές κι ανήγγειλε το θαύμα.
Στο κελί αυτό, που από τότε ονομάστηκε «Άξιον εστίν» ετελείτο γιορτή προς τιμήν του Αρχάγγελου Γαβριήλ, ο οποίος, όπως λέγεται, ήταν ο επισκέπτης μοναχός, αφού αυτός είναι ο κατεξοχήν υμνολόγος της Θεοτόκου.
Η πλάκα στην οποία γράφτηκε ο ύμνος, στάλθηκε στο Πατριαρχείο και η εικόνα της Παναγίας μπροστά στην οποία ψάλθηκαν τα αγγελικά λόγια, μεταφέρθηκε στον Ι.Ν του Πρωτάτου. Κάθε Δευτέρα της Διακαινησίμου λιτανεύεται η θαυμαστή εικόνα της Παναγίας στις Καρυές.
Μπροστά στην εφέστια εικόνα του Άθωνα, «εγένετο ο συναγερμός του αγιορειτικού κόσμου και γονυπετώς υπέγραψαν οι σεβαστοί Καθηγούμενοι και Προιστάμενοι των ιερών Μονών το ψήφισμα της αιωνίου ενώσεως του Αγίου Όρους μετά της Μητρός Ελλάδος».
